Baraza la Watoto wa Jamhuri ya Muungano wa Tanzania lina historia inayoanzia katika Mkutano wa watoto kutoka sehemu mbalimbali nchini Tanzania bara na visiwani waliokutana katika mkutano wa maandalizi ya Mkutano Maalum wa Baraza la Umoja wa Mataifakuhusu watoto uliofanyika tarehe 8-10 Mei 2002. Mkutano huo wa Umoja wa Mataifa hukutanisha Maraisi kutoka nchi wanachama wa Umoja wa Mataifa. Katika kikao cha maandalizi kilichoitishwa na Wizara ya Maendeleo ya Jamii, Jinsia na Watoto kilichofanyika mwezi mei Mwaka 2000 cha maandalizi ya kundi la watoto waliokuwa wawakilishe watoto wa Tanzania katika Mkutano huo wa Umoja wa Mataifa, waliweza kutafakari ushiriki wa watoto katika masuala yanayowahusu pamoja na mambo mengine ya ushiriki wa watoto katika uandaaji nja utungaji wa Sera na sheria mbalimbali zinazogusa haki na Ustawi wao.

Changamoto zilizojitokeza katika vikao vilivyoainishwa hapo juu ndio msingi uliosababisha kuamua kuunda chombno kitakacho hakikisha ushiriki wa watoto katika ngazi mbalimbali kutoka ngazi ya familia hadi ngazi ya Taifa. Chombo hiki kilitarajiwa kuwa cha uwakilishi na utetezi katika masuala yanayogusa ustawi wa watoto yawe ya Kitaifa au kimataifa. Chombo kilichoundwa kilipewa jina la Baraza la Watoto wa Jamhuri ya Muungano wa Tanzania